Το υδατοδρόμιο Νάξου (ιδιοκτησίας του Λιμενικού Ταμείου Νάξου) συμπεριλαμβάνεται στο συνολικό σχεδιασμό δημιουργίας δικτύου υδατοδρομίων της Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
Η Νάξος θα αποτελέσει μαζί με τη Σύρο και την Αμοργό τα τρία πρώτα υδατοδρόμια που θα αδειοδοτηθούν στην περιοχή των Κυκλάδων υπό την ομπρέλα της Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου.
Για τα υδατοδρόμια Νάξου και Αμοργού έχουν υπογραφεί ήδη οι συμβάσεις παροχής υπηρεσιών αδειοδότησης υδατοδρομείων, ανάμεσα στην εταιρία «Ελληνικά Υδατοδρόμια» και την περιφέρεια Ν. Αιγαίου.
Ειδικότερα, για τα υδατοδρόμια Νάξου και Αμοργού έχει ήδη ολοκληρωθεί το πρώτο σκέλος της πορείας αδειοδότησης τους, καθώς και τα προβλεπόμενα από το νόμο 4146/13, εγχειρίδια έχουν ήδη εκπονηθεί από την εταιρία «Ελληνικά Υδατοδρόμια» και κατατεθεί στη συνέχεια στο Δ.Λ.Τ. Νάξου...